2009年6月，中国科学院与北京市政府签署《共建中国科学院北京怀柔科教产业园合作协议》，怀柔科教产业园区上升到院市合作层面，为怀柔建设科学城打下了基础；2011年，中科院与北京市签署了院市共建北京综合研究中心协议，为在怀柔建设依托大科学装置的综合性研究中心迈出了第一步。　　2016年9月，国务院印发《北京加强全国科技创新中心建设总体方案》，提出“统筹规划建设中关村科学城、怀柔科学城和未来科技城”。同年11月，北京市人民政府办公厅印发《怀柔科学城建设发展规划（2016-2020年）》。