怀柔科学城是以大科学装置集群和前沿科技交叉研究平台为核心，同时建设四区。“四区”中的科学教育区将位于怀柔科学城北部，主要依托中国科学院大学建设；科研转化区位于怀柔科学城南部，主要依托雁栖经济开发区建设；综合服务配套区位于怀柔科学城西部，主要依托雁栖小镇组团建设；生态保障区则位于科学城东南部。目前，在科学教育区，中国科学院大学已有8000名师生入驻。而科研转化区，已有中科院12个研究所22个项目，其中15项投入运营。